子宫腺肌症一个很重要的原因是：医源性损伤。一般认为多次流产史、反复宫腔操作、分娩时子宫壁创伤、剖腹产，子宫有创性手术等，造成子宫内膜和子宫肌壁之间人为通道，为宫腔里的子宫内膜入侵肌层提供了方便之门。
此外，由于子宫内膜基底膜下缺乏粘膜下层，且子宫腺肌病常合并有子宫肌瘤和子宫内膜增生过长，故有人认为基底层子宫内膜侵入肌层可能与高雌激素的刺激有关。